সারাটি জীবন মানুষের জন্য বিলিয়ে দেয়া জনদরদী ডা: জাফরুল্লাহ চৌধুরীকে বার বার দাঁড় করানো হয়েছে আসামির কাঠগড়ায়। মরণোত্তর দেহদানকারী নির্লোভ এই মানুষটিকে অভিযুক্ত করা হয়েছে চুরি, অন্যেও জমি দখল, চাঁদা দাবির মতো হাস্যকর অভিযোগে। স্পষ্টবাদীতার কারণে তাকে হয়েছে হয়েছে দ-িত। কেতাবি ‘আইনের শাসন’ সবার জন্য সমান হলো ডা: জাফরুল্লাহর জন্য সেটি যেন ছিলো আরও বেশি সমান। তাঁর ইন্তেকালে এখন অনেকে শোকবাণী দিলেও জীবদ্দশায় পদে পদে তাঁকে করা হয়েছে অপদস্ত। রুদ্ররোষে পড়েছেন শাসক শ্রেণিরও। একের পর এক তার বিরুদ্ধে দায়ের করা হয়েছে মিথ্যা মামলা। আস্ত জীবনটা মানুষের জন্য বিলিযে দেয়া ডা: জাফরুল্লাহ চৌধুরীকে বারবার হেনস্তা ও হয়রানির শিকার হতে হয়েছে হাস্যকর যত মামলায়। গত দেড় দশকে তাকে একাধিকবার দাঁড়াতে হয়েছে আসামির কাঠগড়ায়।

এর মধ্যে ২০১৮ সালের অক্টোবরে ডা: জাফরুল্লাহ চৌধুরীর বিরুদ্ধে দায়ের করা হয় মাছ ও ফল চুরির একটি মামলা। এ মামলায় তার বিরুদ্ধে চাঁদা দাবি,মারধর ও জমি দখলের চেষ্টার অভিযোগও আনা হয়। ঢাকার আশুলিয়া থানায় ঢাকার এলিফ্যান্ট রোডের বাসিন্দা কাজী মহিবুর রব বাদী হয়ে এ মামলা করেন। এতে গণস্বাস্থ্য কেন্দ্রৎর পরিচালক সাইফুল ইসলামসহ অন্তত: ৩০ জনকে আসামি করা হয়।
২০১৮ সালের ১৫,১৯,২১ ও ২৩ অক্টোবর ডা: জাফরুল্লাহ চৌধুরীর বিরুদ্ধে চাঁদা দাবির অভিযোগে পৃথক ৪টি মামলা হয়। ওইবছর ১৫ অক্টোবর একটি মামলা করেন মানিকগঞ্জ জেলার হরিরামপুর উপজেলার মোহাম্মদ আলী ও নারায়ণগঞ্জের রূপগঞ্জের আনিছুর রহমান। মামলায় ডা: জাফরুল্লাহর বিরুদ্ধে জমি দখলের চেষ্টা, চুরি, ভাঙচুর ও চাঁদা দাবির অভিযোগ আনেন। ১৯ অক্টোবর আশুলিয়ার ডেন্ডাবর এলাকার ব্যবসায়ী আমিনুল ইসলামের পক্ষে মামলা করেন কেয়ারটেকার হাসান ইমাম। এ মামলায় জাফরুল্লাহর বিরুদ্ধে ভাঙচুর, চাঁদা দাবি ও জমি দখলের চেষ্টার অভিযোগ আনা হয়। এ দুই মামলায় জামিন লাভের দিন দিবাগত রাতে তার বিরুদ্ধে আশুলিয়া থানায় মামলা করেন যুক্তরাষ্ট্র প্রবাসী সৈয়দ সেলিম আহম্মেদ। বলাবাহুল্য, এ সময় ডা: জাফরুল্লাহ চৌধুরী ক্ষমতাসীন সরকারের বিভিন্ন সিদ্ধান্ত ও আচরণ নিয়ে সমালোচনায় ছিলেন মুুখর।

২০২২ সালের ১৬ ফেব্রুয়ারি গণস্বাস্থ্য কেন্দ্র’র ট্রাস্টি ডা: জাফরুল্লাহ চৌধুরীর বিরুদ্ধে মানহানি মামলা হয়। শরীয়তপুর জেলা ও দায়রা জজ আদালতে মামলাটি দায়ের করেন ছাত্র ইউনিয়নের শরীয়তপুর জেলা সংসদের সভাপতি সাইফ রুদাদ। এজাহারে উল্লেখ করা হয়, ওইবছর গত ২ ফেব্রুয়ারি জাতীয় প্রেসক্লাবের অনুষ্ঠানে ডা: জাফরুল্লাহ চৌধুরী বলেছেন, যুদ্ধাপরাধী কাদের মোল্লা ছাত্র ইউনিয়ন করতেন। তার এমন বক্তব্যে ছাত্র ইউনিয়নের নেতাকর্মীরা ক্ষুব্ধ হন। তার বক্তব্যে ছাত্র ইউনিয়ন ও মুক্তিযুদ্ধের ইতিহাস বিকৃত হয়। শরীয়তপুর জেলা ও দায়রা জজ আদালতের বিচারক প্রশান্ত কুমার বিশ্বাস ডা: জাফরুল্লাহর বিরুদ্ধে সমন জারি করেন। এ মামলার আসামি হিসেবেই ডা: জাফরুল্লাহ গত ১১ এপ্রিল ইন্তেকাল করেন। এছাড়া তার বক্তব্য-বিবৃতি স্বার্থের বিপক্ষে গেলেই স্বার্থান্বেষীরা তার বিরুদ্ধে ঠুকে দিয়েছেন মামলা। জারি করেছে লিগ্যাল নোটিশ। কথায় কথায় করা হয়েছে নানাবিধ হয়রানি। দেয়া হয়েছে নানা অপবাদ।

স্বাধীনতা পুরষ্কার, ফিলিপাইনের রামন ম্যাগসাইসাই এবং সুইডেনের রাইট লাভলিহুড পুরষ্কার জয়ী এই ক্ষণজন্মা মানুষটির অপরাধ-তিনি ছিলেন অকুতোভয়, অকপট,স্পষ্টবাদী। যা বিশ্বাস করতেন তা-ই বলতেন। সহজাত এই বৈশিষ্ট্যের কারণে তিনি আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালের একটি আদেশের বিষয়ে উদ্বেগ জানিয়েছিলেন। ৫০ বিশিষ্ট নাগরিকের মধ্যে বিবৃতি দিয়েছিলেন তিনিও। এর মধ্যে একজন বিবৃতি থেকে নাম প্রত্যাহার করে নেন। ক্ষমা করে দেয়া হয় ২২ জনকে। কিন্তু দ-িত করা হয় ডা:জাফরুল্লাহ চৌধুরীকে।

একাত্তরে মানবতাবিরোধী অপরাধের বিচারের লক্ষ্যে গঠন করা হয় আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল। এই ট্রাইব্যুনাল ইংরেজী জাতীয় দৈনিক নিউএজ পত্রিকার তৎকালিন স্পেশাল রিপোর্ট এডিটর ডেভিড বার্গম্যানকে ২০১৪ সালের ১৮ ডিসেম্বর আদালত অবমাননার দায়ে শাস্তি দেন। এ ঘটনায় উদ্বেগ প্রকাশ করে বিবৃতি দিয়েছিলেন ডা: জাফরুল্লাহ চৌধুরীসহ ৫০ বিশিষ্ট নাগরিক। পরে বিবৃতি থেকে নাম প্রত্যাহার করে নেন মানবাধিকারকর্মী খুশী কবির। দু:খ প্রকাশ করায় ২২ জনকে ক্ষমা প্রদর্শন করেন ট্রাইব্যুনাল। কিন্তু ক্ষমা প্রার্থনা না করায় দ-িত করা হয় ডা:জাফরুল্লাহ চৌধুরীকে। টানা এক ঘন্টা কাঠগড়ায় দাঁড় করিয়ে রেখে সেই দ- কার্যকর করা হয়। বিচারপতি ওবায়দুল হাসানের নেতৃত্বে গঠিত আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল-২ এর অপর দুই সদস্য হলেন, বিচারপতি মো: মজিবুর রহমান মিয়া ও বিচারপতি মো: শাহিনূর ইসলাম।

এক ঘন্টা দাঁড় করিয়ে রাখা ছাড়াও ৫ হাজার টাকা অর্থদ- করা হয়। এ অর্থ অনাদায়ে তাঁকে ১ মাসের কারাদ- দেয়া হয়। একই সঙ্গে ভবিষ্যতে বিবৃতি প্রদানের ক্ষেত্রে তাকে সতর্ক করে দেন ট্রাইব্যুনাল। ট্রাইব্যুনাল তার আদেশে উল্লেখ করেছিলেন, এর আগে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল-১ তাকে কোনো সাজা না দিয়ে শুধু সতর্ক করেছিলেন। তাতে তিনি ‘শোধরাননি’ বরং ‘ধৃষ্টতা দেখিয়েছেন’। এজন্য জাফরুল্লাহ চৌধুরীর দৃষ্টান্তমূলক সাজা প্রাপ্য। কিন্তু বয়স বিবেচনায় তাকে এক ঘণ্টার সাজা দেয়া হলো।