বাবরি মসজিদের সাথে জড়িয়ে আছে বাবরের নাম। সেনাপতি মীর বাকী ১৫২৮-২৯ (৯৩৫ হিজরি বর্ষে) মসজিদটি তৈরি করেন বাবরের আদেশে। আর.এস.এস বা সংঘ পরিবারের দাবি, ত্রেতাযুগে তৈরি হওয়া রামমন্দির ভেঙে মসজিদটি তৈরি হয়। এই দাবির ভিত্তিতে ১৯৯২ সালে মসজিদটি ভেঙে ফেলে হিন্দুত্ববাদী করসেবকরা। কিন্তু বাবর ভারত শাসনের যে নীতি ঘোষণা করেন, তা তো মূর্তি বিনাশের বিরুদ্ধে। বাবর বরং মূর্তি নির্মাণ ও হিন্দু ধর্মীয় নেতাদের সহায়তা করছেন, ইতিহাস সেটাই দেখায়। তিনি হিন্দু যোগীদের পবিত্র স্থান ‘গুর-খাতরি’ পরিদর্শন করেন, সহায়তা করেন যোগীদের। তাদের কাজে কোনো হস্তক্ষেপ করেননি। গুর-খাতরি ও কাচওয়া অঞ্চলের যোগীরা যে সব জমি ও সম্পদ ভোগ করতেন, তার উপর তাদের অধিকার দিয়ে দেন। যোগীদের কেন্দ্র ভ্রমণে কোনো ভয়-ভীতি যেন না থাকে, এর ব্যবস্থা করেন। ৫০০ বিঘা জমি দান করেন। অযোধ্যার দন্তধবণ কুÐ নাগেশ্বরনাথ, সিদ্ধগিরির মঠ ইত্যাদিতে দান করেন বহু অনুদান। হিন্দুদের ঐসব প্রতিষ্ঠানে বাবরের দানপত্র আজও রয়েছে। ওই দানের জন্য হিন্দু প্রতিষ্ঠানগুলি বাবরের কাছে ঋণ স্বীকারও করেছে। সেই বাবর মসজিদ বানাতে কেন মন্দির ধ্বংস করবেন?

বাবর বিষয়ক ঐতিহাসিক নথি-পত্র তদন্ত করে ইতিহাসবিদ ড. অমলেশ ত্রিপাঠী লিখেছেন, “সম্রাট বাবর অমুসলিমদের প্রতি ধর্মসহিষ্ণু ছিলেন। তাঁর শাসনব্যবস্থায় ধর্মের কোনো প্রভাব ছিল না। অধ্যাপক পি মাইতির ‘ইতিহাস পরিক্রমা’ গ্রন্থে তার প্রমাণ আছে।”

বাবর তার আত্মজীবনীতে নিজের প্রায় সকল ঘটনা লিখেছেন। গোয়ালিয়র প্রাসাদের স্থাপত্যের প্রশংসা করেছেন তিনি। ধৌলপুর পাহাড়ের অপরূপ সৌন্দর্যের কথাও লিখেছেন। সেখানে দশফুট গভীর ক‚প খননের কথাও বাদ রাখেননি। সেই বাবর রামমন্দির ভাঙলেন, মসজিদ গড়লেন, তার কোনো বিবরণ দেবেন না, তা হয়? বাবরের গ্রন্থে এর কোনো বিবরণ নেই। বাবরের বিষয়ে বিস্তর আলোচনা করেছেন আবুল ফজল। তারিখে আলফি গ্রন্থে তিনি বাবরের আমলের গুরুত্বপূর্ণ বিবরণ হাজির করেছেন। তিনিও উল্লেখ করেননি অযোধ্যার মন্দিরের কথা, সেটা ভেঙে মসজিদ গড়ার কথা। এমন কিছু ঘটলে অন্তত সমকালীন হিন্দু সূত্রে তার উল্লেখ থাকতে পারতো।